Sekretar Agencije vrši poslove:
- koordiniranje i usmjeravanje rada svih organizacionih jedinica u cilju realiziranja poslova koji su utvrđeni u programu rada Agencije i osiguravanje izvršenja poslova po nalogu direktora Agencije;
- upoznavanje direktora Agencije o stanju i problemima u vršenju planiranih poslova, te predlaganje preduzimanja potrebnih mjera na rješavanju postojećih problema;
- praćenje realizacije zaduženja u osnovnim organizacionim jedinicama po nalogu direktora Agencije i koordiniranje rada Agencije;
- organiziranje sastanaka i susreta sa predstavnicima međunarodne zajednice i njenih institucija i drugim nevladinim organizacijama, institucijama, medijima i građanima;
- organiziranje saradnje direktora Agencije sa federalnim organima uprave, nadležnim institucijama na nivou Bosne i Hercegovine, Vladom Republike Srpske, vladama kantona, gradonačelnicima i načelnicima općina u Federaciji iz djelokruga Agencije, te tužilaštvima, sudovima i međunarodnim organizacijama po pitanjima iz nadležnosti Agencije;
- izrađuje izvještaje koji se odnose na provođenje zaključaka Vlade Federacije, te odluka i stavova Vlade Federacije iz djelokruga Agencije,
- izrađuje izvještaj o radu i materijalno-finansijskom poslovanju Agencije i izvještaj o stanju u oblasti oduzimanja imovinske koristi pribavljene krivičnim djelom uz saradnju i koordinaciju sa svim organizacionim jedinicama, u skladu sa unutrašnjom organizacijom i nadležnostima;
- koordinira provođenje finansijskog upravljanja i kontrole Agencije,
- obavljanje i drugih poslova po nalogu direktora Agencije.
Za svoj rad neposredno odgovara direktoru Agencije, u skladu sa zakonom, drugim propisima i ovim pravilnikom.
